Identification of tropical shrimp species by RFLP and SSCP analysis of mitochondrial genes
Identifizierung tropischer Garnelenarten durch RFLP- und SSCP-Analyse mitochondrialer Gene
Dr. Hartmut Rehbein
Max Rubner-Institute
Federal Research Institute of Nutrition and Food
Department of Safety and Quality of Milk and Fish
Products
Palmaille 9, 22767 Hamburg, Germany
monika.manthey@mri.bund.de
Wild and farmed tropical shrimps form an important market share of seafood trade. Many of these species are differing in sensory quality, size and price. PCRbased methods have been developed for differentiation of nine penaeid shrimp species. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of two amplicons (312 bp, 16S rRNA gene; 558 bp, cytochrome oxidase subunit I gene) was used to identify two commercially important species, Penaeus monodon and Litopenaeus vannamei. Differentiation between these two species and seven other species was achieved by single strand conformation polymorphism (SSCP) analysis of PCR products (134 bp and 312 bp) obtained from the 16S rRNA gene. Plasmids containing the 312 bp amplicon were constructed to serve as reference material in SSCP analysis. Whereas the SSCP patterns of the 312 bp amplicon expressed some intra-species variability, the patterns obtained for the short amplicon showed no variation between different specimens of a given species.
Wilde und gefarmte tropische Garnelen haben einen bedeutenden Anteil am internationalen Handel mit Meeresfrüchten. Dabei können zwischen den einzelnen Garnelenarten beträchtliche Unterschiede in Qualität und Preis auftreten. Zur Differenzierung zwischen neun Garnelenarten aus der Familie der Penaeidae (Geißelgarnelen) wurden folgende PCR-Methoden eingesetzt: (i) RFLP-Analyse (Restriktionsfragment-Längenpolymorphismus-Analyse) von zwei Amplikons (16S rRNA-Gen, 312 bp; Cytochromoxidase I-Gen, 558 bp) zur Identifizierung der beiden bedeutenden Handelsarten Penaeus (P.) monodon und Litopenaeus (L.) vannamei. (ii) Eine Differenzierung zwischen diesen beiden und sieben weiteren kommerziellen Garnelenarten gelang durch SSCP-Analyse (Einzelstrang-Konfor - mationspolymorphismus-Analyse) von Amplikons aus dem 16S rRNA-Gen (134 bzw. 312 bp). Als Referenzmaterial für die SSCP-Analyse wurden Plasmide hergestellt, die das 312 bp-Amplikon von P. monodon oder L. vannamei enthielten. Während die SSCP-Muster des größeren (312 bp) Amplikons häufig eine intraspezifische Variabilität aufwiesen, waren die Muster bei dem kürzeren Amplikon innerhalb einer Spezies konstant.